O MEEF/ExNEEF tem por referência cinco bandeiras históricas de luta, a partir das quais o movimento constrói suas defesas e organiza sua atuação. São elas: (I) A defesa da Universidade pública, gratuita e de qualidade, referenciada nas demandas da classe trabalhadora, e que portanto nos colocamos na contrariedade à atual Contra-Reforma Universitária, implementada pelo governo PT; (II) A defesa da Licenciatura Ampliada enquanto projeto de formação humana, que se contrapõe à atual fragmentação da área entre Licenciatura e Bacharelado; (III) A regulamentação do trabalho, em contraponto à regulamentação da profissão defendida pelo sistema CONFEF/CREF; (IV) A defesa de um outro projeto de sociedade, o projeto histórico socialista; e (V) Somos contrários a todas as formas de opressão à classe trabalhadora, seja ela política, social, econômica, religiosa, em relação ao gênero, sexo, identidade de gênero, etnia, entre outras (bandeira aprovada no ENEEF RIO).